Der er 9 forskellige kampkunstskoler i Bujinkan Dôjô, og de er følgende:

Togakure Ryû Ninjutsu
Grundlagt i 1181 af Togakure Daisuke. Det er den anden ældste ryû i Bujinkan, og det er denne, de fleste af vores grundlæggende ninjutsu teknikker kommer fra. Det er også denne skole hvorfra våbnene/redskaberne shukô og ashikô kommer. De var én af Togakure Ryûs Sanpô Hiden (Den Hemmelige Læres Tre Metoder) hvilket bestod af: 1.) Senban Shuriken; 2.) Shukô & Ashikô; 3.) Shinodake. Togakure Ryû Ninjutsu er en skole, der kommer fra Iga Ryû Ninjutsu, og den er samtidigt én af Iga Ryûs ældste.

Kumogakure Ryû Ninjutsu
Grundlagt i 1532 af Iga Heinaizaemon no jo Ienaga, som var sôke i Iga Ryû Ninjutsu. Denne ryû undervises kun til højere rangede Bujinkan medlemmer, og af denne grund, vides der ikke ret meget om den udenfor denne "private kreds". Der vides dog, at skolens taijutsu er meget lig med Togakure Ryûs, og sætningen "Shikin Haramitsu Daikômyô" fra Bujinkans kotodama menes at komme fra Kumogakure Ryû Ninjutsu.

Gyokushin Ryû Ninjutsu
Grundlagt et sted i 1500 tallet af Sasaki Goemon Teruyoshi, og ligeledes som de to førnævnte ninjutsu skoler har denne også oprindelse i Iga Ryû. Præcis som med Kumogakure Ryû, har også kun Bujinkan instruktører af højere rang mere detaljeret viden om denne skole. Og da det siges, at Gyokushin Ryû lagde mere vægt på infiltration og spionage, er det fuldt forståeligt hvorfor dens teknikker ikke læres videre til begyndere. Det der dog vides om skolens taijutsu, er at en specialitet deri er sutemi nage (offer kast), og Gyokushin shinobi var specielt dygtige til at bruge nage nawa (kaste reb - en lasso).

Gyokko Ryû Kosshijutsu
Grundlagt i 1156 af Tozawa Hakûnsai (dog begyndte skolen at blive til allerede inden år 1000). Det menes at Gyokko Ryûs teknikker, oprindeligt blev opfundet af en kvinde i det Kinesiske Kejserlige Hof, hvilket kan forklare, hvorfor Gyokko Ryû Kosshijutsus teknikker, er utroligt effektive for små og fysisk svagere personer. Det blev bragt til Japan af Cho Gyokko engang mellem år 618 og 907, og det blev lavet til en egentlig ryû i 1156 af Tozawa Hakûnsai. Gyokko Ryû, der kendes som en Kosshijutsu skole, er egentlig også officielt kendt i Bujinkan som en ninja taijutsu skole, da den faldt i Iga ninja'ernes hænder meget tidligt, og pga. dens yderst effektive fundamentale taijutsu teknikker endte den med at være med til at skabe taijutsu fundamentet i flere forskellige ninjutsu ryû. Så man kan sige, at Gyokko Ryû er en shinobi kosshijutsu skole. Flere af Bujinkans grundlæggende teknikker kommer herfra, bl.a. Kihon Happô Kata og Sanshin no Kata.

Kotô Ryû Koppôjutsu
Grundlagt omkring 1542 af Sakagami Taro Kunishige. Man ved ikke rigtigt, hvordan Kotô Ryû oprindeligt blev til, men man ved at det var Sakagami Taro Kunishige, der lavede en egentlig ryû af teknikkerne. Og da Sakagami samtidigt var sôke i Gyokko Ryû Kosshijutsu, endte det med, at Kotô Ryû og Gyokko Ryû altid fulgtes ad helt op til i dag. De to skoler supplerer hinanden i og med, Gyokko Ryû er kosshijutsu og Kotô Ryû er koppôjutsu – den ene skole dækker det ene område af kamp, den anden dækker det andet. Kotô Ryû Koppôjutsu faldt også i Iga ninja'ernes hænder, hvilket ikke er svært at se, da der er adskillige ninjutsu elementer deri som f.eks. brug af metsubushi, Kotô Ryû waza der indeholder shuriken jutsu (kunsten at bruge kasteklinger) samt noget specifikt ninpô mikkyô (ninpôs hemmelige lære) der hedder Sanpô Gasshô, som man også finder i Gyokko Ryû, hvilket viser skolernes tilknytning til hinanden.

Gikan Ryû Koppôjutsu
Grundlagt i 1558 af Uryu Hangan Gikanbo. Det siges, at grundlæggerens slag var så kraftfuldt, at han en gang slog en sværdklinge over i to. Gikan Ryû Koppôjutsu indeholder mange specielle slag, spark og kast, og skolens benarbejde bruges vidt i Bujinkan. Skolens makimono (skriftruller) indeholder kun de forskellige navne på teknikkerne, og ikke direkte beskrivelser af dem (som ellers forekommer i de forskellige densho af de andre ryû i Bujinkan), idet teknikkerne undervises direkte fra lærer til elev, så skolens hemmeligheder ikke faldt i andres hænder, hvis skriftrullerne skulle blive stjålet. Gikan Ryû er endnu en koppôjutsu skole, der fandtes i Iga.

Shinden Fudô Ryû Dakentaijutsu
Grundlagt i slutningen af 1100 tallet af Izumo Kanja Yoshiteru. Historien om Shinden Fudô Ryû er lidt svær at finde rundt i. Det siges at skolen egentlig blev dannet af Genpachiro Tameyoshi (muligvis den samme som Minamoto Hachiro Tameyoshi, skolens tredje sôke) i midten af 1200 tallet, baseret på Izumo Kanja Yoshiteru’s kosshijutsu. Det er en skole, der kan deles op i to halvdele: Dakentaijutsu og Jûtaijutsu (hvilket er grunden til, at skolen ind imellem også refereres til som Shinden Fudô Ryû Jûtaijutsu). I dakentaijutsu delen er der ingen kamae, men i jûtaijutsu delen er der 5. Der er et hemmeligt princip i skolen, som er ”Naturens Princip”.

Takagi Yôshin Ryû Jûtaijutsu
Grundlagt omkring starten af 1600 tallet af Takagi Oriuemon Shigenobu. Begyndelsen på denne ryû startede egentlig med en bjerg-præst ved navn Unryu, som var en ekspert i shuriken jutsu, bô jutsu, sô jutsu og taijutsu fra ”Amatsu Tatara Rinpô Hiden Makimono”. Herfra blev der lagt kenpô, teknikker med hanbô og teknikker med kodachi til Izumo’s teknikker af Ito Sukesada. Og senere da alt dette blev lært videre til Takagi Oriuemon Shigenobu, endte det med, at Takagi lavede det til en ryû. En af skolens specialiteter i jûtaijutsu er det at kaste modstanderen, så vedkommende ikke kan lave ukemi på teknikken (f.eks. det at kaste ham/hende direkte ned på hovedet). Ydermere sættes der fokus på at bruge modstanderens vægt og momentum mod ham selv. I Takagi Yôshin Ryû siger man: ”Se på øjnene og brug hurtighed”.

Kukishinden Ryû Happô Hikenjutsu
Grundlagt i slutningen af 1100 tallet af Izumo Kanja Yoshiteru. Historien bag denne ryû er meget lang og kompliceret, så der vil nøjes med at blive sagt, at grundlæggeren, Izumo Kanja Yoshiteru, er den samme som grundlagde Shinden Fudô Ryû Dakentaijutsu. Kukishinden Ryû har det kendetegn, at alt hovedsageligt foregår i rustning, så man skal ofte tænke på, at modstanderen, og én selv, er iført rustning. Mange af Bujinkans fundamentale sværd teknikker, samt basis teknikker med bô, kommer fra denne skole.